蛋白組學(xué)的另一個(gè)重要任務(wù)是鑒定在一個(gè)基因序列里被編碼的蛋白的功能和作用。蛋白組技術(shù)使人們能夠通過一些新的策略，而快速獲取這些信息。這些策略包括：基于“牽連犯罪” 概念的方法；根據(jù)活性將蛋白富集再鑒定；全細(xì)胞或細(xì)胞器分析等。

定性蛋白組學(xué)的zui終目的是完成對(duì)所有存在蛋白的全覆蓋。要達(dá)到這個(gè)目的，所有的蛋白需要被適當(dāng)?shù)叵獠⒖扇?。使用多蛋白酶消解可以提高序列覆蓋度。此外，像電子轉(zhuǎn)移解離（ETD）這樣的新方法可以使人們有效地碎片化更大尺寸的肽段。高的序列覆蓋度有益于分辨蛋白的亞型。對(duì)于復(fù)雜的混合物，例如細(xì)胞或組織裂解液，離子抑制和動(dòng)態(tài)范圍是兩個(gè)挑戰(zhàn)。如果能夠很好地降低或消除離子抑制，那么就可以更加均一地實(shí)現(xiàn)肽的離子化，從而改善定性和定量分析。動(dòng)態(tài)范圍方面的挑戰(zhàn)除了與離子抑制有關(guān)外，主要是和質(zhì)譜儀器的檢出限有關(guān)。除了離子抑制和動(dòng)態(tài)范圍外，第三個(gè)問題是質(zhì)譜的峰容量。針對(duì)這個(gè)問題，可采用的一個(gè)變通的策略就是所謂的“數(shù)據(jù)獨(dú)立采集（DIA）”，它已成為一個(gè)商品化技術(shù)。隨著質(zhì)譜儀器掃描速度變得越來越快，采用DIA技術(shù)進(jìn)行鑒別也就變得越發(fā)可行。我們可以看到，每一代串聯(lián)質(zhì)譜較之其上一代都會(huì)有顯著的改進(jìn)，這推動(dòng)著蛋白組學(xué)向獲得一個(gè)完整蛋白組發(fā)展。不過，如何判定何時(shí)算是我們獲得了一個(gè)完整蛋白組依然是很困難的。此外，獲得一個(gè)完整蛋白組的關(guān)鍵是要有一個(gè)合理的實(shí)驗(yàn)策略，而非采用一個(gè)耗時(shí)的“蠻力搜索”策略。